โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 31 ดำเนินการจัดการศึกษาเป็น 3 ระดับ ได้แก่
 

          1.การศึกษาระดับประถมศึกษา (ประถมศึกษาปีที่ 1-6) ทางโรงเรียนได้จัดการศึกษาตามหลักสูตรการศึกษาพื้นฐาน ที่มุ่งพัฒนา ผู้เรียน ให้สามารถ พัฒนา คุณภาพชีวิต ให้พร้อมที่ จะทำประโยชน์ ให้กับสังคม ตามบทบาท และหน้าที่ ของตน ในฐานะพลเมืองดี ตามระบอบ การปกครอง แบบประชาธิปไตย ที่มี พระมหากษัตริย์ เป็นประมุข โดยให้ผู้เรียน มีความรู้ และทักษะพื้นฐาน ในการดำรงชีวิต ทันต่อ การเปลี่ยนแปลง มีสุขภาพสมบูรณ์ ทั้งร่างกาย และจิตใจ ทำงานเป็น และสามารถใช้ชีวิตได้อย่างมีความสุข โดยมีวิธีในการจัดกิจกรรมการเรียนรู้ผ่านการลงมือทำ (Learning by doing) ผู้เรียนจะได้เรียน 8 กลุ่มสาระการเรียนรู้ และ 4 กิจกรรมพัฒนาผู้เรียน เพื่อพัฒนาตนเองได้ตรงตามวัตถุประสงค์ของหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน

          2. การศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น (ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1-3) เป็นช่วงสุดท้ายของการศึกษาภาคบังคับ มุ่งเน้นให้ผู้เรียนได้สำรวจความถนัด และความสนใจของตนเอง ส่งเสริมการพัฒนาบุคลิกภาพส่วนตน มีทักษะในการคิดวิจารณญาณคิดสร้างสรรค์ และคิดแก้ปัญหามีทักษะ ในการดำเนินชีวิต มีทักษะการใช้เทคโนโลยีเพื่อเป็นเครื่องมือในการเรียนรู้ มีความรับผิดชอบต่อสังคม มีความสมดุลทั้งด้านความรู้ความคิด ความดีงาม และมีความภูมิใจในความเป็นไทย ตลอดจนใช้เป็นพื้นฐาน ในการประกอบอาชีพ หรือการศึกษาต่อโดยทางโรงเรียนได้จัดกลุ่มวิชาให้ผู้เรียนได้เลือกเรียนตามความถนัดและความสนใจของตนเอง รวมทั้งสิ้น 47 วิชา

          3. การศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย (ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4-6) เน้นการเพิ่มพูนความรู้และทักษะเฉพาะด้าน สนองตอบความสามารถ ความถนัด และความสนใจของผู้เรียนแต่ละคนทั้งด้านวิชาการ และวิชาชีพ มีทักษะในการใช้วิทยาการ และเทคโนโลยี ทักษะกระบวนการคิดขั้นสูง สามารถนำความรู้ไปประยุกต์ ใช้ให้เกิดประโยชน์ในการศึกษาต่อ และการประกอบอาชีพ มุ่งพัฒนาตน และประเทศตามบทบาทของตน สามารถเป็นผู้นำ และผู้ให้บริการชุมชนในด้านต่างๆ โดยทางโรงเรียนได้จัดการศึกษาเป็น 2 รูปแบบคือ การศึกษาสายสามัญ จำนวน 6 กลุ่มวิชา แบ่งเป็นกลุ่มวิชาวิทยาศาสตร์ – คณิตศาสตร์ , กลุ่มภาษา , กลุ่มวิชาศิลปะ , กลุ่มวิชาคหกรรม , กลุ่มวิชาเกษตรกรรม , กลุ่มวิชากีฬา และรูปแบบการจัดการศึกษาทวิศึกษา จำนวน 4 สาขาวิชา คือ สาขาการบัญชี , สาขาวิชาคอมพิวเตอร์ธุรกิจ , สาขาวิชาการโรงแรม , สาขาวิชาช่างเชื่อม